影片讲述已是生物研究员的安娜，为寻找十年前在科学考察神秘丛林任务中失踪的爷爷，找来爷爷的弟子谢博士与曾经爷爷同事的儿子李宇航组建团队，再次踏上那片神秘丛林，找寻线神盾局特工第四季。在原始森林中，探险队先后与史前猪鳄、变异巨蛛生死博弈，更是发现了仅存在传说中的神秘生物——大脚怪，正当大伙沉浸在喜悦之中，却不知更大的危险悄然而至.........

位于沙漠的神秘实验室内，用于基因研究的实验体蜘蛛出现突变，变成巨大的蜘蛛怪兽，实验室沦为巨蛛巢国土安全第四季。数天后，一支特战小队由队长高强带领着，护送权植集团科学家陈博士，前往实验室营救被困人员，并试图取回相关科研资料……然而，陈博士却隐瞒了实验室内部的真实情况……...

居住在洛杉矶的除虫专家亚历克斯·马迪斯（格雷戈·格伦伯格 Greg Grunberg 饰）在一次工作中被褐皮蜘蛛咬伤，他到医院就诊，结果殓房一名医护人员被某具尸体里爬出的巨型蜘蛛攻击，留下难以置信的可怕伤口，正为医药费发愁的亚历克斯自告奋勇前去解音乐大师课第四季。与此同时，美国军方一对人马全副武装来到医院，宣布对此实施封锁。原来那只神秘蜘蛛来自军方的实验室，而错误送到医院的尸体无疑成为所有灾难的开...